Hace unos meses tuvo problemas con dominios .com.mx en uno de mis servers. Por alguna razón, dejaban de resolver en forma errática, generalmente por la mañana.
Pude resolverlo finalmente utilizando una herramienta de diagnóstico llamada DNS Report. Me dio información muy detallada acerca de errores de configuración en el A Record del DNS y pude resolver el problema. Tengo que agradecer aquí a la gente del Command Center de Prodigy México por el invaluable apoyo que me brindaron en esa ocasión.
Tal vez te pueda servir como punto de partida si algún día se te presenta algún problema parecido.